La Cueva del Presidio  se localiza en el municipio de Atarjea en la Sierra Gorda de Guanajuato, en los límites con el estado de Querétaro. Es una cueva muy conocida en la región y usada desde tiempos de la revolución mexicana como escondite y presidio (cárcel o mazmorra). También ha sido usada por pobladores de la región para efectuar ceremonias religiosas.

A esta cavidad es posible llegar desde las poblaciones de El Charco, por el lado de Guanajuato, o desde Santa Maria de Cocos por la Sierra Gorda de Querétaro. La entrada presenta una boca circular con alrededor de 3 m de diámetro desde donde se desciende por una vertical de 10 m al interior de la gruta que consta de una bóveda semicircular con casi 50 m de diámetro en su parte más larga. Presenta abundantes concreciones y espeleotemas como estalactitas y estalagmitas de diferentes tamaños y se encuentra en buen estado de conservación a pesar de ser ampliamente conocida y visitada, ya que mediante el uso de escaleras improvisadas ha sido asequible su acceso por parte de lugareños y visitantes.