De acuerdo a registros históricos, la primera exploración de estas cavernas se remonta a los años de 1960 cuando se hizo el recorrido total de la gruta por un grupo de mexicanos.
Se cuenta que fue un habitante de la región quien por primera vez localizó la entrada durante una cacería de un puma y al escapar dicho animal adentrándose por la boca de la caverna.
Las Grutas de Vergel de Bernalejo se conforman de una serie de túneles donde es necesario escalar, pasar entre derrumbes de rocas y arrastrarse por gateras así como pasos estrechos. La travesía es relativamente sencilla contando con la experiencia necesaria.
Los salones y galerías se encuentran fuertemente concrecionados en casi toda la extensión de la caverna que posee más de 150 m de longitud explorados.
Actualmente los habitantes de la zona regulan el ingreso a la cueva y la entrada se encuentra bloqueada por una puerta de metal para impedir el acceso. Desgraciadamente, durante muchos años esta cueva fue visitada sin control alguno por personas sin conciencia del cuidado de la naturaleza por lo que se pueden observar muchas formaciones dañadas y gran cantidad de pintas y grafitis en las paredes y techo de la cavidad.